La Unidad de Investigación tiene como misión fomentar, promover y financiar el desarrollo de las actividades de investigación; establece políticas, define los programas de investigación prioritario y coordina las actividades de investigación en la Facultad de Medicina.

Fue creado el 17 septiembre 1997 por Resolución Rectoral: RR. 05622-CR-97. Desde su creación, ha tenido los siguientes Directores:

1. Dr. Garmendia Lorena Fausto Anibal. 
2. Dr. Herman Vildózola Gonzáles.
3. Dr. Juan Alberto Perales Cabrera.
4. Dr. Sergio Gerardo Ronceros Medrano.
5. Dr. José Carlos Pacheco Romero.
6. Dra. Elydia Mujica Albán.
7. Dr. Juan Pedro Matzumura Kasano.